تتزايد الآثار السلبية لتوافد السكان المحيطة على وادي إمكون، حيث يتمثل الخطر الرئيسي في ثلوث مياه الوادي، وهو ما يُعتبر تهديداً للبيئة وتحديا بعد تحدي الجفافالدي تشاهذه الواحة، خاصة في ظل الجفاف المتزايد وندرة المياه.
حيث يعاني وادي إمكون من تدهور بيئي متزايد بسبب غسل الزرابي والسياراة واستخدامات غير مستدامة، مما يؤثر على التوازن البيئي والتنوع الحيوي في المنطقة. تتطلب هذه المشكلة تدابير عاجلة للحفاظ على موارد المياه وتقليل استهلاكها الغير المسؤول.
ومن المهم تشجيع التوعية بخطورة الامر والترشيد من خلال الاستغلال الاخلاقي لمياه الوادي. كما يجب على السلطات المحلية اتخاذ إجراءات حازمة لمنع استعمال مياه الوادي بشكل غير مسؤول وتنظيم استخدامها بشكل فعال ومستدام.
